La Joven Orquesta de la Universidad de Valladolid fue fundada a principios de 1998, haciendo su presentación oficial ese mismo año en el tradicional concierto de fin de curso de la Universidad, bajo la dirección de su titular, Francisco Lara.
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En sus primeros años de existencia, fue orquesta residente en el Curso de Práctica Orquestal en las Jornadas de Música de Barbastro y en el Curso de Práctica Orquestal, enmarcado dentro del Festival Joven de Música Clásica de Segovia, organizado por la Universidad de Valladolid y la Fundación Don Juan de Borbón.
Ha realizado colaboraciones con otros colectivos de la Universidad de Valladolid, como el Coro, el Grupo de Música Antigua, el grupo Gente de Teatro o el Coro de la Facultad de Educación. Así como otras agrupaciones como el Coro Voces Blancas, la Compañía Kala Teatro Danza, la Coral Voces Amigas o la Escuela Superior de arte Dramático FUESCYL.
En marzo de 1999, pone en marcha el I Ciclo de Música Contemporánea que ha venido celebrándose anualmente de manera ininterrumpida hasta la actualidad. Por su programación han pasado intérpretes, directores y ponentes de la talla de Ensembles Plural, Fabián Panisello, Tomás Garrido, Jesús Legido, Enrique Igoa, Marie-Anne Mairesse, Neil Crossland, Ravi Prasad, Rafael Martín Castilla, Victoria Cavia Naya, Trio Arbós o el Cuarteto Granados.
En 2002, junto con UNICEF y el Banco Santander, comienzan el ya tradicional concierto de Navidad cuya recaudación está totalmente destinada a labores humanitarias. Este concierto actualmente se celebra en varias ciudades de Castilla y León.
El proyecto Ópera, iniciado en el año 2004, ha conseguido acercar este género a todos los públicos y poner en escena cada año una ópera en la que han intervenido cantantes como Sion Goronwy, Susan Jiwey, Carlos Fidalgo, Louise Callinan, Damian Whiteley y Rodney Clarke entre otros.
La orquesta además de conciertos en el territorio nacional ha viajado a la ciudad holandesa de Utrecht, fruto de un intercambio con la orquesta de dicha Universidad, a Oporto, a Salerno teniendo como anfitrión a la Asociación Musicampus de la Universidad de Salerno, a Lovaina, Gante, Estrasburgo en colaboración con la Joven Orquesta de la ciudad, Nimes y Florencia.
En 2011, participaron junto a Los Secretos en un concierto en el Teatro Real en el que se grabó el disco Sinfónico.