La Joven Orquesta de la Universidad de Valladolid fue fundada a principios de 1998, haciendo su presentación oficial ese mismo año en el tradicional concierto de fin de curso de la Universidad, bajo la dirección de su titular, Francisco Lara.
En sus primeros años de existencia, fue orquesta residente en el Curso de Práctica Orquestal en las Jornadas de Música de Barbastro y en el Curso de Práctica Orquestal, enmarcado dentro del Festival Joven de Música Clásica de Segovia, organizado por la Universidad de Valladolid y la Fundación Don Juan de Borbón.
Ha realizado colaboraciones con otros colectivos de la Universidad de Valladolid, como el Coro, 
el Grupo de Música Antigua, el grupo Gente de Teatro o el Coro de la Facultad de Educación. Así como otras agrupaciones como el Coro Voces Blancas, la Compañía Kala Teatro Danza, la Coral Voces Amigas o la Escuela Superior de arte Dramático FUESCYL.
En marzo de 1999, pone en marcha el I Ciclo de Música Contemporánea que ha venido celebrándose anualmente de manera ininterrumpida hasta la actualidad. Por su programación han pasado intérpretes, directores y ponentes de la talla de Ensembles Plural, Fabián Panisello, Tomás Garrido, Jesús Legido, Enrique Igoa, Marie-Anne Mairesse, Neil Crossland, Ravi Prasad, Rafael Martín Castilla, Victoria Cavia Naya, Trio Arbós o el Cuarteto Granados.
En 2002, junto con UNICEF y el Banco Santander, comienzan el ya tradicional concierto de Navidad cuya recaudación está totalmente destinada a labores humanitarias. Este concierto actualmente se celebra en varias ciudades de Castilla y León.
El proyecto Ópera, iniciado en el año 2004, ha conseguido acercar este género a todos los públicos y poner en escena cada año una ópera en la que han intervenido cantantes como Sion Goronwy, Susan Jiwey, Carlos Fidalgo, Louise Callinan, Damian Whiteley y Rodney Clarke entre otros.
La orquesta además de conciertos en el territorio nacional ha viajado a la ciudad holandesa de Utrecht, fruto de un intercambio con la orquesta de dicha Universidad, a Oporto, a Salerno teniendo como anfitrión a la Asociación Musicampus de la Universidad de Salerno, a Lovaina, Gante, Estrasburgo en colaboración con la Joven Orquesta de la ciudad, Nimes y Florencia.
En 2011, participaron junto a Los Secretos en un concierto en el Teatro Real en el que se grabó el disco Sinfónico.